La cittadina è caratterizzata da due edifici che ricordano i Florio, l’importante famiglia di Marsala che a Favignana ha favorito lo sviluppo della pesca al tonno: Palazzo Florio e la grande Tonnara, oggi nota come ex Stabilimento Florio, sede museale e spazio polivalente.
Il paese si costruisce intorno a due piazze: piazza Europa e piazza Matrice, collegate dalla via principale, meta del passeggio serale. Due sono le spiagge principali: Cala Azzurra, piccola baia sabbiosa a sud dell’abitato, e l’ampia spiaggia del Lido Burrone, sempre a sud, ma leggermente spostata a ovest.